基本单位普查的数据处理由普查数据的录入、编辑、审核、汇总、上报、发布工作，建立基本单位名录数据库。
一、县级普查机构利用国家下发的录入程序，对普查报表进行录入、审核、编辑。录入时先录入法人单位表，随后录入该法人单位所属的产业活动单位表。对于法人单位不在本地的产业活动单位，直接录入产业活动单位表。
国家、省、地三级数据处理组的审核、编辑工作在县级上报的基层数据基础上进行，逐级负责审核下一级报送的数据，并逐级向下反馈审核出来的错误信息。
二、各级数据处理组按照各级直接处理基层数据的原则，把基层数据直接汇总生成综合表和过录表。县、地、省三级均按直接上报基层数据并同时上报综合数据的办法，逐级将本级数据上报上一级普查办公室。
三、数据处理完毕并经验收合格后，各级按照本级生成的数据文件建立本级的基本单位名录数据库，并建立名录数据库信息管理系统，实现对名录数据库信息定期更新维护和管理，及与编制、民政、工商、税务、质检、财政等部门的网络互联和信息共享。
四、各级数据处理组，要在建立普查名录数据库的基础上，进一步开发名录数据库各种应用系统。并积极满足各级政府部门、统计部门、社会有关单位对名录数据库信息的各种应用需求。
数据处理结束之后，对数据处理的质量要严格检验。
各级普查机构建立数据质量控制岗位责任制，制订质量控制工作细则，对培训方案、清查单位、调查登记、填报普查表、收表审表、数据录入与处理以及验收等各个环节的工作，实行全过程的质量控制。 ⑧
